Según mis cálculos no, ya lo realicé en una base de pruebas y no observé modificación alguna, ahora bien, no se si el usuario que creó los asientos efectivamente deseaba cancelarlos en un futuro, de ser así entonces lo que procede es efectivamente cancelar el asiento lo cual lógicamente si te movería los saldos.
Desconozco cual sea tu rol dentro de tu empresa pero si te es posible, levanta un ambiente de pruebas (restaurar una nueva base de datos), realiza las modificaciones necesarias (quitar el check en los asientos) y quédate más tranquilo verificando los efectos de las transacciones para que cuando lo hagas en productivo no tengas duda alguna de lo que estás haciendo.